common: actually remove items we process

common/git_utils.go

@@ -755,6 +755,8 @@ func (e *GitHandlerImpl) GitSubmoduleList(gitPath, commitId string) (submoduleLi
 					} else if te.isSubmodule() {
 						submoduleList[p+te.name] = te.hash
 					}
+
+					delete(trees, p)
 				}
 			}
 		}